畜禽粪便本身是好的有机肥料来源，除富含大量有机质和氮磷钾及其它微量元素等植物必需的营养元素外，还含有各种生物酶和微生物，对提高土壤的有机质和肥力，改良土壤结构，起着化肥不可替代的作用。
   畜禽粪便集中处理场或有机肥生产企业将会采用专用车辆到各个养殖场定时回收畜禽粪便，以免对道路路面形成二次污染，将回收的畜禽粪便直接进入发酵区。经过一次发酵、二次陈化堆放。首先消除了畜禽粪便的臭味。在一次发酵时，应按比例加入秸秆，植物叶片，杂草粉末等植物茎杆叶。同时应加入发酵菌种，将其中的粗纤维进行分解，以便粉碎后的粒度要求符合造粒生产的粒度要求。将完成二次陈化堆放过程的发酵物料粉碎，进入混合搅拌系统，在混合搅拌前，根据配方，将N、P、K和其他一些微量元素均加入混合搅拌系统，开始搅拌，将混合后的物料输送如圆盘造粒系统，成粒经烘干机后进入冷却系统，将物料将至常温后开始筛分，符合要求的粒进入包膜机包裹涂膜后开始包装，不符合要求的粒经粉碎机粉碎后重新回到圆盘造粒系统，继续造粒。经过以上若干程序，畜禽粪便变成了有机肥的主要原料，进入销售市场直接销售。
   有机肥加工生产工艺流程大致包括为：有机肥原料选配、秸秆、污泥、草炭等）→发酵处理→配料混合→有机肥造粒→冷却筛选→计量封口→成品入库。
   有机肥生产工艺流程中有机肥可以分为粉状有机肥和粒状有机肥。其中，粉状有机肥工艺比较简单：检测你的原材料（比如草木灰、糠醛渣、腐植酸等）成分，知道每种原料中准确的营养成分和营养成分比例对有机肥生产工艺流程起着重要作用；一般的有机肥生产工艺流程要求达到使其氮磷钾含量超过4%，有机质超过30%，满足这样的有机肥生产工艺流程就可以混匀，粉碎和包装了。
   颗粒状有机肥需要设备，湿法有机肥造粒机、转鼓造粒机、有机肥造粒机或者圆盘造粒或者对辊挤压挤压造粒等。有机肥生产工艺流程要求原料跟粉状肥基本一样，只是再需要添加粘结剂（膨润土或者凹凸棒）后，成品的颗粒需要转筒烘干机进行烘干。